Charakter zbierkového fondu Múzea Janka Kráľa odzrkadľuje jeho dlhoročný profil regionálneho literárnohistorického múzea zameraného aj na dejiny mesta Liptovský Mikuláš a jeho reprofilácia na mestské múzeum v roku 1992. V súčasnosti sú zbierkové predmety zaradené vo fondoch história, literárna história, národopis, výtvarné umenie, historické fotografie a pohľadnice. K 31. 12. 2012 múzeum evidovalo 20 216 zbierkových predmetov v celkovom počte 36 807 kusov.

Prvé akvizície do múzea získal riaditeľ JUDr. Martin Martinček, jediný pracovník múzea do roku 1961. V jeho menovacom dekréte z 12. júla 1956 stálo: „Má zaistiť materiál o Jankovi Kráľovi v Matici slovenskej u PhDr. Ruda Brtáňa. Bude prevádzať zber a triedenie materiálu pre vznikajúce múzeum. Vykoná prieskum a zaistenie materiálov prichádzajúcich v úvahu pre Múzeum Janka Kráľa i u súkromných držiteľov. Bude hľadať ďalšie pramene, ktoré by prehĺbili a rozšírili podstatu múzea.“ Zámer sa podaril, prvé predmety zapísané v knihe prírastkov v roku 1956 pochádzali z rodiny štúrovského básnika Janka Kráľa. Kompletné zariadenie izby z jeho bytu v Zlatých Moravciach objavil u Kráľovej vnučky Márie v rumunskej Turde básnik Ctibor Štítnický a jeho prevoz na Slovensko zariadil Martin Martinček. Tento súbor nábytku je dodnes súčasťou stálej expozície múzea. Medzi prvými zbierkovým predmetmi nájdeme aj fotokópie rukopisov Janka Kráľa odkúpené z Matice slovenskej. Avšak o systematickejšej zbierkotvornej činnosti v tomto období nemohlo byť ani reči. Správca a jediný pracovník múzea v jednej osobe zabezpečil v zložitých podmienkach predovšetkým získanie prvého župného domu pre múzejné účely, jej rekonštrukciu a v roku 1961 aj otvorenie múzea.

Ani v ďalších desaťročiach sa nedarilo zabezpečiť v múzeu podmienky pre systematické budovanie a spracovanie zbierkového fondu, pretože chýbalo primerané finančné zabezpečenie a personálne obsadenie inštitúcie. Veď funkcia samostatného odborného pracovníka absentovala až do roku 1968. Ďalším nepriaznivým faktorom boli rozličné predstavy o zameraní múzea, ktoré sa v priebehu 60. rokov menili od literárnej histórie po dokumentovaniu revolučných tradícií. Hoci druhý riaditeľ, historik Slávko Churý, okruh pôsobnosti múzea v organizačnom poriadku z roku 1961 jasne deklaroval: „Múzeum na základe regionálneho prieskumu zhromažďuje, vedeckými metódami spracováva a osvetove využíva písomné pamiatky o kultúrnom rozvoji Liptova, ukazuje význam Liptova v celonárodných dejinách a našej spoločnosti chce sprístupňovať význam všetkých kultúrnych pracovníkov, pochádzajúcich z Liptova až do najnovších čias.“ Už v roku 1963, po prekonaní krízy hroziacej zánikom Múzea Janka Kráľa, bola ustanovená koncepcia s troma základnými okruhmi činnosti: 1. dokumentovať revolučné tradície horného Považia, 2. literárne tradície Liptova, 3. históriu mesta Liptovského Mikuláša. Táto koncepcia vychádzala z návrhu siete múzeí v Stredoslovenskom kraji do roku 1970.

 V roku 1961 získalo múzeum delimitáciou časti vlastivedných fondov z vtedajšieho Múzea slovenského krasu v Liptovskom Mikuláši vyše sto kusov starých tlačí zo 17.– 19. storočia, ktoré sa stali základom fondu knižných muzeálií a 270 výtvarných diel s historickými námetmi autora Janka Alexyho. Väčšina z týchto pastelov a olejov pochádzala z rokov 1942–1944, keď Alexy spolu s profesorom Jánom Volkom-Starohorským uvažovali o založení mikulášskeho vlastivedného múzea. Tvorbou z tohto obdobia akoby chcel autor doplniť chýbajúci úsek slovenského historického maliarstva. Úmyselne anachronicky stvárnené príbehy, postavy a legendy mali plniť úlohu muzeálneho dokumentu. Kombináciou techník sa snažil dosiahnuť nádych starobylosti. Alexy spracoval celé série postáv liptovských zemanov, rodových erbov, galériu postáv slovenských dejín. S jemu vlastnou fantáziou rekonštruoval podobu liptovských hradov, kaštieľov a kúrii. Vytvoril tiež množstvo historických kompozícií inšpirovaných slovenskými dejinami od Veľkomoravskej ríše až po vznik Československa. Janko Alexy nielen že stál pri zrode Múzea Janka Kráľa, ale bol aj jeho dlhoročným priaznivcom a inšpirátorom. Ďalšie výtvarné a literárne diela spolu s rozsiahlym dokumentačným materiálom venoval umelec múzeu v priebehu 60. rokov 20. storočia.

Slávko Churý získal zo Štátneho archívu v Bytči fotokópie dokumentov o historickom vývoji Liptova. V októbri 1961 píše: „Máme všetko pripravené pre stálu expozíciu – t.j. všetok známy materiál o J. Kráľovi a dokumenty z archívu Liptovskej župy. Nemáme ale peňazí na nákup vitrín, takže nemôžeme materiál vystaviť a snažíme sa prebíjať ako sa dá.“ V roku 1963 sa v Liptovskom Mikuláši konali celoslovenské oslavy 250. výročia Jánošíkovej smrti, na ktorých sa organizačne podieľalo aj múzeum. V jeho priestoroch bola inštalovaná dlhodobá výstava Jánošík v histórii a tradícii, pre ktorú boli zakúpené rekvizity z celovečerného hraného filmu režiséra Paľa Bielika Jánošík.

Nasledujúci riaditeľ múzea Alojz Lutonský sa v rokoch 1963–1968 zameral hlavne na budovanie knižnice, na históriu mesta a súdobú dokumentáciu, sporadicky aj na literárnu históriu. Zbierkové predmety získal darom a nákupom z rodín bývalých garbiarskych priemyselníkov – Hubkovcov, Lackovcov, Žuffovcov. Získané písomnosti, fotografie, listiny a svedectvá pamätníkov sa triedili do určitých schematických celkov v osobitných zberných škatuliach. Spracované boli len prvostupňovo. Provizórne depozitáre v sídelnej budove sa rozšírili po kúpe susedného tzv. straussovského domu v roku 1965. V nasledujúcom roku boli obe budovy navzájom prepojené. Výročná správa múzea z roku 1967 uvádza, že múzeum spravovalo 2 714 kusov zaevidovaných zbierkových predmetov. O dva roky neskôr sa zriaďovateľ opäť zaoberal zameraním svojej kultúrnej inštitúcie. Kultúrna komisia mestského národného výboru prijala na zasadnutí  23. januára 1969 uznesenie: „Múzeum Janka Kráľa bude sa vo svojej náplni orientovať na plnenie úloh z činnosti pôvodného pomenovania a poslania – Literárno-historické múzeum Janka Kráľa a osobitne bude dokumentovať históriu mesta vo všetkých oblastiach.“ Toto vymedzenie špecializovanej náplne bolo zakotvené aj v novom štatúte múzea, datovanom 13. marca 1969.

V tom čase v múzeu pracoval Jozef Kasanický, vôbec prvý samostatný odborný pracovník a neskorší riaditeľ. Jeho príchod znamenal kvalitatívny posun v celej šírke múzejných aktivít. Zaslúžil sa o vybudovanie prvej stálej literárnohistorickej expozície, ktorá bola otvorená až sedemnásť rokov po založení múzea. Dovtedy sa verejnosti prezentovalo prostredníctvom výstav, ktoré tu zostali inštalované trvalo – 120. výročie založenia spolku Tatrín, Ján Levoslav Bella, Gašpar Fejérpataky-Belopotocký, Život a dielo Martina Rázusa. Jadrom múzea zostávala tzv. Izba Janka Kráľa a dlhodobá výstava Jánošík v histórii a tradícii. Prvá spomínaná expozícia Janko Kráľ v kontexte literárnych a kultúrnych dejín Liptova bola otvorená v apríli 1972 na počesť 150. výročia narodenia básnika. Pri jej zrode stáli autori Cyril Kraus a Rudolf Chmel, vtedajší predseda muzeálnej rady. Podľa slov Jozefa Kasanického „dotvorilo sa prakticky nové literárne múzeum.“  Čiastočne sa podarilo zlepšiť aj podmienky pre uloženie zbierok, a to uvoľnením bytu s troma miestnosťami vo dvore múzea. Nebolo to však optimálne riešenie. Problémy s nedostatkom primeraných depozitov pretrvávali, v priamej úmere s rozrastajúcimi sa zbierkami, aj v nasledujúcich dvadsiatich rokoch.

V období rokov 1973–1980 sa zbierkový fond postupne dopĺňal ďalšími knižnými muzeáliami, literárnymi pamiatkami, predmetmi z významných garbiarskych rodín, dokumentmi vývoja Liptovského Mikuláša. Medzi najvzácnejšie akvizície tohto obdobia považujeme 69 kusov rukopisov básní Petra Bellu-Horala (autora textu známej hymnickej piesne Aká si mi krásna), rovnako ako časť pozostalosti dramatika Ivana Stodolu. V roku 1977 ju múzeu darovala umelcova dcéra a ďalšími predmetmi bola obohacovaná aj v nasledujúcich rokoch. Pracovníci okrajovo dokumentovali aj vtedajší kultúrny život Liptovského Mikuláša (pozvánky na podujatia, plagáty, bulletiny, brožúry). Avšak ťažisko akvizičnej činnosť spočívalo v príprave novej expozície s tematikou jánošíkovských tradícií v Liptove a na Slovensku a dejín mesta. Súbežne finišovala komplexná rekonštrukcia renesančného kaštieľa zemianskeho rodu Palugyayovcov, v mestskej časti Palúdzka, kde mala byť expozície umiestnená. Tu bol ľudový hrdina Juraj Jánošík v roku 1713 väznený. Tradície jánošíkovskej legendy stvárnil autor expozície Jozef Kasanický prostredníctvom výtvarných a literárnych diel. Vychádzajúc predovšetkým zo zbierky Janka Alexyho exponoval aj ďalšie diela slovenských umelcov i  ľudových tvorcov. Dejiny mesta boli prezentované bytovou kultúrou jednotlivých spoločenských vrstiev Mikulášanov. Inštalovaním historického nábytku na poschodí kaštieľa vznikli tzv. zemianska, meštianska a vrbická izba. Aj v týchto priestoroch boli primerane využité kresby a maľby Janka Alexyho. Dá sa povedať, že od otvorenia expozície v decembri 1981 až do jej likvidácie v dôsledku reštitúcií v marci roku 1997, bola v kaštieli Vranovo inštalovaná podstatná časť historických, národopisných a výtvarných zbierok. Našli sa tu vhodné priestory aj pre depozity výtvarného umenia a histórie.

Osemdesiate roky 20. storočia boli sčasti poznačené opätovnými finančnými i personálnymi problémami. Podľa vtedajšieho riaditeľa Jána Hlavienku v odborno-výskumnej činnosti prevládala určitá živelnosť, ktorá sa prejavovala aj v oblasti dokumentácie súčasnosti v odbore spoločenských vied. Pre túto prácu nebol vyčlenený žiadny pracovník. Nedostatočný počet pracovníkov bol kritický, najmä od roku 1981, keď múzeu pribudol kaštieľ Vranovo a budovala sa nová expozícia v bývalej evanjelickej fare. Vedenie múzea sa sústredilo na návštevnosť múzea, spoluprácu so školami a organizovanie rôznych podujatí „na spoločenskú, resp. politickú objednávku“ (napr. inštalácia volebného agitačného strediska vo výstavnej sieni). Všetku odbornú činnosť zabezpečovali okrem riaditeľa dve pracovníčky, ktoré zároveň plnili aj funkciu lektoriek. V rokoch 1983–1984 sa opäť polemizovalo o postavení a poslaní Literárnohistorického múzea Janka Kráľa. Napriek spomínaným problémom pribudli do zbierok viaceré hodnotné akvizície – napr. pečatidlo mestečka Svätý Mikuláš zo začiatku 17. storočia, súbor rodinných fotografií vedca Aurela Stodolu, časť pozostalosti Andreja Plávku. V rokoch 1985 – 1986 sa rozprúdili prípravné práce na tretej expozícii múzea v priestoroch starej evanjelickej fary, niekdajšom pôsobisku kňaza a politika Michala Miloslava Hodžu a jeho nasledovníkov. Na nákup expozičných zbierkových predmetov vyčlenilo Ministerstvo kultúry SR mimoriadny príspevok vo výške 70 tisíc korún. Historický fond múzea obohatil nábytok zo zátopovej oblasti Liptovskej Mary, sklo, porcelán, historické tlače a mimoriadne vzácna akvizícia – listiny z bývalého archívu zemianskeho rodu Okoličániovcov.

V roku 1991 nastal čas na rozhodujúcu zmenu v smerovaní múzea. Stalo sa tak príchodom novej riaditeľky PhDr. Daniely Eleny Komárovej, ktorá pripravila novú koncepciu mestského múzea. Sústredila sa v nej na systematickejší záujem o históriu a dovtedy absentujúcu etnografiu mesta a jeho pridružených mestských častí, ktoré sa niekoľko storočí vyvíjali ako samostatné obce. Túto koncepciu podporila aj novo formujúca sa mestská samospráva. Intenzívnejší záujem vedenia mesta o múzeum priniesol po dlhých rokoch zlepšenie financovania v personálnej i investičnej oblasti. Stabilizoval sa pracovný kolektív, rozšírený o viacerých pracovníkov (historička, literárna historička, etnografka, lektorka, výtvarníčka). Priaznivé okolnosti zákonite podporili aj systematickejšiu akvizičnú činnosť. Od roku 1991 sa podstatne rozšíril zbierkový fondu múzea, v ktorom sa zapĺňali niektoré „biele miesta“ mikulášskej histórie. Išlo o prvoradú požiadavku nielen vzhľadom na prípravu ďalších dvoch expozícií (Rázusovie dom, 1993 a Kapitoly z histórie mesta Liptovský Mikuláš, 1994), ale aj na možno poslednú príležitosť získať predmety od potomkov mikulášskych meštianskych, remeselníckych a roľníckych rodín. Práve oni ešte poznali ich hodnotu a zároveň možno vedeli oceniť význam našich „záchranných“ akvizičných aktivít. Podarilo sa osloviť časť obyvateľov mesta na stránkach miestnej i regionálnej tlače, ktorí do múzea ponúkali rôzne pozoruhodné i „obyčajnejšie“, nenápadné pamiatky minulosti. V období rokov 1993–1999 bolo na akvizície vynaložených, z dnešného pohľadu, neuveriteľných 442 707 korún. Ďalšie zbierkové predmety do múzea priniesol vlastný výskum a početné dary priaznivcov. Fondy histórie a národopisu sa rozšírili o písomný a trojrozmerný materiál: nábytok, textil, odev, obuv, sklo, porcelán, drobné osobné predmety, fotografie, firemnú korešpondenciu a ďalšie zaujímavé doklady z oblasti hospodárskeho, spolkového, cirkevného života mesta, školstva, športu, či zdravotníctva. Datované sú od konca 19. storočia po súčasnosť.

Medzi najväčšie a najvzácnejšie akvizície posledných rokov patrili zbierkové predmety spojené so životom a dielom manželov Martinčekovcov, Pavla Straussa a súrodencov Rázusovcov.

Tvorba manželov Martinčekovcov má v zbierkach Múzea Janka Kráľa výrazné zastúpenie vďaka akvizíciám z rokov 2006 a 2010. V roku 2006 múzeum prevzalo z pozostalosti Ester Martinčekovej-Šimerovej celkovo 302 umeleckých diel, ktoré maliarka darovala mestu Liptovský Mikuláš. Súčasťou akvizície boli okrem olejov, koláží a kresieb samotnej Martinčekovej aj dve paspartované fotografie jej manžela, diela spriaznených slovenských výtvarníkov a drobné dekoračné predmety, ktoré obklopovali maliarkin pracovný priestor v ateliéri na Rumanovej ulici. Do zbierok múzea pribudla aj osobná knižnica Martinčekovcov obsahujúca 241 zväzkov zväčša cudzojazyčnej literatúry. K dvom farebným fotografiám Martina Martinčeka pribudlo 51 čiernobielych fotografií, ktoré múzeum získalo do svojich zbierok v roku 2010.

V roku 2008 pribudol do zbierok mobiliár, ktorý bol súčasťou zariadenia nitrianskeho bytu MUDr. Pavla Straussa. Súčasťou akvizície bola Straussova rozsiahla knižnica obsahujúca celkovo 1329 zväzkov kníh.

Zbierka trojrozmerných predmetov, dokumentov a fotografií viažucich sa k životu a dielu súrodencov Rázusovcov je systematicky budovaná od začiatku 90. rokov minulého storočia, keď sa do života uvádzala myšlienka stálej expozície v ich rodnom dome. V priebehu posledných rokov do zbierky pribudli také vzácne predmety ako písací stroj a stolová lampa z pracovne Martina Rázusa či dolnosrniansky kroj Márie Rázusovej-Martákovej a aktuálne (v roku 2012) aj súbor rodinných dokumentov a fotografií. Všetky predmety múzeu darovala rodina Rázusovcov.

Za posledných dvadsaťjeden rokov sa zbierkový fond v kvantitatívnom vyjadrení viac ako zdvojnásobil. Kým v roku 1991 bolo vykazovaných 8 884 prírastkových čísel a 14 169 kusov, k 31. 12.  2012 to bolo už 20 216 evidenčných čísel v počte 32 807 kusov.

Mgr. Iveta Blažeková